Yên Tử trở thành trung tâm của Phật giáo từ khi vua Trần Nhân Tông từ bỏ ngai vàng khoác áo cà sa tu hành để tìm đến sự thanh tịnh sau khi truyền ngôi và thành lập một dòng Phật giáo đặc trưng của Việt Nam, đó là dòng Thiền Trúc Lâm Yên Tử và trở thành vị tổ thứ nhất với pháp danh Điều Ngự Giác Hoàng Trần Nhân Tông (調御覺皇陳仁宗, 1258-1308). Ông đã cho xây dựng hàng trăm công trình lớn nhỏ trên núi Yên Tử để làm nơi tu hành và truyền kinh, giảng đạo. Sau khi ông qua đời, người kế tục sự nghiệp là Pháp Loa Đồng Kiên Cương (法螺同堅剛, 1284-1330), vị tổ thứ hai của dòng Trúc Lâm. Trong 19 năm tu hành, ông đã soạn ra bộ sách Thạch thất mị ngữ (石室寐語) và cho xây dựng 800 ngôi chùa, am, tháp lớn nhỏ trong nước với hàng nghìn pho tượng có giá trị, trong đó có những chùa nổi tiếng như Chùa Quỳnh Lâm, chùa Hồ Thiên ở Đông Triều; Chùa Vĩnh Nghiêm (Bắc Giang)... Tại trung tâm truyền giáo của Pháp Loa còn có Huyền Quang Lý Đạo Tái (玄光李道載, 1254-1334), vị tổ thứ ba của phái Trúc Lâm.

Ngày 17 tháng 5 năm 2008, Yên Tử và Vịnh Hạ Long (Quảng Ninh) đã cùng với chùa Bái Đính ở Cố đô Hoa Lư (Ninh Bình) là những địa danh của Việt Nam được chọn là những thắng tích phật giáo cho các đại biểu tham dự đại lễ phật đản thế giới lần đầu tiên tại Việt Nam đến tham quan, chiêm bái.